Universitetda olib borilayotgan ilmiy-tadqiqotlarning ustuvor yo`nalishlari quyidagilardan iborat:
• Farg`ona vodiysi tabiiy resurslari va ulardan samarali foydalanish;
• Mintaqaviy ekologik muammolar va ularni tadqiq etish;
• Muhofaza etiladigan tabiiy hududlar tizimini takomillashtirishning geoekologik asoslari;
• Farg`ona vodiysida keng tarqalgan sug`oriladigan tuproqlar unumdorligini oshirish muammolari;
• Unumdorligi past, o`rtacha va yuqori bo`lgan bo`z tuproqlarning biogeoцyenoziga dukkakli ekinlarning ta`siri;
• G`o`za turli navlarining yetishtirish muhitiga ko`ra fenotipik o`zgarishlar darajasi;
• Farg`ona vodiysining O'zbekiston qismida tarqalgan g`alladoshlar oilasining istiqbolli yem-hashak o`simliklari;
• Biologik xilma-xillikni saqlab qolishning geoekologik asoslarini ishlab chiqish;
• Muhofaza etiladigan tabiiy hududlar tizimini tashkil etishning geoekologik asoslarini ishlab chiqish;
• Iqlim o`zgarishi bilan bog`liq gidrometeorologik tadqiqotlar olib borish;
• Qishloq xo`jalik ekinlari zararkunandalarining tarqalishi, rivojlanishi, ekologik xususiyatlari biomonitoringi;
• Farg`ona viloyati sug`oriladigan tuproqlari shakllanishining genetik-geografik qonuniyatlarini o`rganish, Yer fondi va diagnostikasi;
• Bentonit agrorudasini qumli dahalarning suv-fizik va kimyoviy xossalariga, bug`doy hosildorligiga ta`siri;
• entomologiya soxasiga matematik uslublar va axborot texnologiyalarini qo`llash;
• atrof-muxit holatini bioindikasiya qilish;
• entomofauna va entomokomplekslar antropogen transformaцiyasining qonuniyatlarini o`rganish;
• Farg`ona vodiysida o`suvchi xom-ashyo o`simliklarini tadqiq etish;
• Noyob-manzarali o`simliklarni Farg`ona vodiysiga introduksiyasi;
• Farg`ona vodiysi ixtiofaunasining tur tarkibini o`rganish;
• Yarim o`tkazgichlar va ularning tuzilmalarida kechadigan keskin tabiatli optik, fotoelektrik, deformasiyaviy va kinetik hodisalarni tadqiq etish;
• Kimyo sanoatida o`simliklardan dorivor moddalar olish;
• Kimyo sanoati chiqindilari mahalliy xom ashyodan foydalanib ikkilamchi mahsulotlar ishlab chiqarish texnologiyalarini yaratish;
• Yuqori unumli qayta tiklanuvchi energiya manbalarini yaratish va takomillashtirish;
• Termoelektrik yarim o`tkazgichlar olish texnologiyasini yaratish hamda qo`llanish sohalarini o`rganish;
• Xususiy hosilali buziladigan differensial tenglamalar, ehtimollar nazariyasi va matematik statistika;
• Yoshlarni yuksak ma`naviyat ruhida tarbiyalashning innovaцion omillari va amaliy vositalari;
• o`quvchi yoshlarning sog`lom turmush tarzini shakllantirish, ularda psixonevrologik tangliklarni oldini olish, yurak-qon tomirlari faoliyati, chekish va ichishning salbiy oqibatlarini tadqiq etish;
• Globallashuv sharoitida shaxsda informasion madaniyatni shakllantirishning ijtimoiy falsafiy muammolari;
• Shaxsning intellektual madaniyati: ijtimoiy-falsafiy tahlili;
• Shaxs ekologik ongi shakllanishida axloqiy va estetik omillarining o`zaro ta`sir xususiyatlari;
• Farg`ona vodiysi tarixi, etnogenezi va etnografiyasi;
• Farg`ona vodiysi arxeologiyasi;
• Bozor iqtisodiyotiga o`tishda xususiy mulkchilik, kichik va o`rta biznesni rivojlantirish muammolari, tashqi iqtisodiy faoliyatni boshqarish;
• Pedagogik loyihalashtirishning uslubiy asoslari;
• Bo`lajak o`qituvchilarni tarbiyaviy ishlarga tayyorlashning ijtimoiy – pedagogik muammolari;
• Oilada bolalarni ijtimoiy xayotga yo`naltirish pedagogik shart-sharoitlari.
• Jismoniy tarbiya nazariyasi asoslari;
• Maktabgacha va boshlang`ich ta`lim muammolari;
• Ijtimoiy taraqqiyotning falsafiy-ma`naviy muammolari;
• Din va shaxs psixologiyasi, komil inson muammosi;
• Sosiologik tadqiqotlar olib borish va tahlil etish;
• Badiiy asar poetikasini tadqiq etish;
• Roman poetikasini tadqiq etish;
• Sistem tilshunoslik muammolari;
• Psixolingvistik tadqiqotlarning nazariy asoslari;
• Antroposyentrik muammolar tadqiqi;
• Yoshlar jismoniy tayyorgarligining psixologik, pedagogik va fiziologik asoslari;
• Xalq ta`limi tizimini boshqarish va pedagog xodimlar tayyorlash;
• Oliy, o`rta va boshlang`ich ta`lim uslubiyoti, darslik va o`quv qo`llanmalarini yaratish.
Mazkur yo`nalishlar bo`yicha olib borilayotgan ilmiy-tadqiqot ishlari, asosan, davlat byudjeti mablag`lari va ishlab chiqarish korxonalari bilan tuzilgan innovaцion hamkorlik shartnomalari hamda davlat ilmiy texnika dasturlari doirasida va xo`jalik shartnomalari asosida amalga oshirilmoqda.