Приоритетными направлениями научных исследований, проводимых в университете, являются:
• Природные ресурсы Ферганской долины и их эффективное использование;
• Региональные экологические проблемы и их изучение;
• Геоэкологические основы совершенствования системы охраняемых природных территорий;
• Проблемы повышения плодородия орошаемых почв, широко распространенных в Ферганской долине;
• Влияние бобовых на биогеоценоз серых почв низкой, средней и высокой плодородности;
• Степень фенотипических изменений различных сортов хлопчатника в зависимости от условий выращивания;
• Перспективные кормовые культуры семейства зерновых, широко распространенные в узбекской части Ферганской долины;
• Разработка геоэкологических основ сохранения биоразнообразия;
• Разработка геоэкологических основ организации системы охраняемых природных территорий;
• Проведение гидрометеорологических исследований, связанных с изменением климата;
• Биомониторинг распространения, развития и экологических свойств сельскохозяйственных вредителей;
• Изучение генетических и географических закономерностей формирования орошаемых почв Ферганской области, земельного фонда и диагностики;
• Влияние агроруды бентонита на водофизические и химические свойства песчаных почв, урожайность пшеницы;
• Применение математических методов и информационных технологий в области энтомологии;
• Биоиндикация состояния окружающей среды;
• Изучение закономерностей антропогенной трансформации энтомофауны и энтомокомплексов;
• Исследование сырьевых растений, произрастающих в Ферганской долине;
• Интродукция уникальных и живописных растений в Ферганскую долину;
• Изучение видового состава ихтиофауны Ферганской долины;
• Изучение оптических, фотоэлектрических, деформационных и кинетических явлений резкого характера, происходящих в полупроводниках и их структурах;
• Извлечение лекарственных веществ из растений в химической промышленности;
• Разработка технологий производства вторичной продукции с использованием местного сырья из отходов химической промышленности;
• Создание и совершенствование высокоэффективных возобновляемых источников энергии;
• Разработка технологий получения термоэлектрических полупроводников и изучение областей их применения;
• Разложимые дифференциальные уравнения со специальными производными, теория вероятностей и математическая статистика;
• Инновационные факторы и практические средства воспитания молодежи в духе высокой духовности;
• Формирование здорового образа жизни школьников, профилактика психоневрологических расстройств у них, изучение негативных последствий сердечно-сосудистой активности, курения и употребления алкоголя;
• Социально-философские проблемы формирования информационной культуры у человека в условиях глобализации;
• Интеллектуальная культура человека: социально-философский анализ;
• Особенности взаимодействия моральных и эстетических факторов в формировании экологического сознания человека;
• История, этногенез и этнография Ферганской долины;
• Археология Ферганской долины;
• Проблемы частной собственности, развития малого и среднего бизнеса в условиях перехода к рыночной экономике, управления внешнеэкономической деятельностью;
• Методологические основы педагогического проектирования;
• Социально-педагогические проблемы подготовки будущих учителей для педагогической работы;
• Педагогические условия ориентации детей на социальную жизнь в семье;
• Основы теории физического воспитания;
• Проблемы дошкольного и начального образования;
• Философско-духовные проблемы социального развития;
• Религия и психология личности, проблема совершенной личности;
• Проведение и анализ социологических исследований;
• Исследование поэтики произведения искусства;
• Исследование поэтики романа;
• Проблемы системной лингвистики;
• Теоретические основы психолингвистических исследований;
• Исследование антропоцентрических проблем;
• Психологические, педагогические и физиологические основы физической подготовки молодежи;
• Управление системой народного образования и подготовка учителей;
• Разработка методик, учебников и учебных пособий для высшего, среднего и начального образования.
Научно-исследовательские и опытно-конструкторские работы в этих областях проводятся преимущественно в рамках средств государственного бюджета и соглашений об инновационном сотрудничестве, заключенных с промышленными предприятиями, а также государственных научно-технических программ и на основе экономических контрактов.